Фенхель, як і раніше, широко використовується в медицині – в основному як вторгнень і відхаркувальний засіб. Ефірні олії фенхелю стимулюють роботу кишечника, а також активізують роботу нирок. За рахунок цього його можна застосовувати як легкий діуретик, а при сечокам'яній хворобі чай із фенхелю доповнює основну терапію.
Фенхель як лікарський засіб призначають при порушенні травної, сечостатевої та нервової системи. Не останню роль відіграє ця рослина в лікуванні захворювань, які вимагають вітрогінного, тонізуючого, сечогінного, болезаспокійливого, спазмолітичного та відхаркувального ефекту.
— Фенхель зміцнює кістки, знижує артеріальний тиск, позитивно впливає на здоров'я серця та зміцнює імунітет. Він покращує травлення, сприяє засвоєнню заліза, допомагає полегшити симптоми передменструального синдрому (ПМС).
Фенхель протипоказаний при індивідуальній непереносимості та алергії на окремі компоненти. Чай з нього не рекомендують вживати при дисбактеріозі та діареї, оскільки він має проносний ефект. Трава здатна нашкодити при аритмії.